DNA 探針為原位雜交提供較高的靈敏度。與RNA探針相比，DNA探針與靶mRNA 分子的雜交強度較弱，因此在雜交后的洗滌中不應使用甲醛。
探針特異性至關重要。如果已知細胞中mRNA或DNA的確切核苷酸序列，則可據此設計高度的互補探針。如果超過 5% 的堿基對不互補，那么探針只能與靶序列發生輕度雜交。這意味著，探針更容易在洗滌和檢測步驟中被洗去，可能無法正確檢測。
植物染色體原位雜交技術的應用非常廣泛。例如，它可以用來研究植物基因組的結構和功能，包括基因定位、染色體重組、基因表達和基因組演化等方面。此外，該技術還可以用來檢測植物中的染色體異常，如染色體缺失、重復和易位等。
植物染色體原位雜交技術的優點在于它可以直接觀察到染色體上的目標DNA序列，而不需要進行PCR擴增或測序等操作。此外，該技術還可以同時檢測多個目標DNA序列，從而提高檢測效率和準確性。
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